プロテインとはたんぱく質のことですが、元になるたんぱく質によって性質が違います。一概に優れているとか、優れていないという見方はできません。より、体内に早く吸収させたい場合は、ホエイプロテインを酵素分解したもの、長い時間をかけて吸収させたい場合は大豆プロテイン。などといったように特性にあわせた使い方をします。
　一般的にフィットネスと併用する方にはホエイを中心に、健康目的の方には大豆を中心にお勧めすることが多くなります。
　しかしながら、より吸収を高めれば高めるほど、体内の消化能力を落とす可能性があります。消耗したカラダには最適ですが、カラダつくりという視点では内臓の消化能力も大事な要因ですので、普段の食事の内容が大事になります。
　質問の焦点がずれましたが、優れた、優れていないという視点だけではなく、その目的によって成分を選ぶことが大事だという点を理解して欲しいと思います。